As duas posições não são mutuamente excludentes.
Agnosticismo é um posicionamento epistemológico. Possui várias formulações mas as mais populares ditam que Deus e o sobrenatural são incognoscíveis, isto é, inacessíveis à razão humana. Isso não significa que não exista qualquer acesso epistêmico à Deus e o sobrenatural, entretanto. O acesso poderia ser mediado por uma faculdade especial, não-racional (fé?). Todo agnóstico portanto rejeita argumentos que visem provar ou desprovar a existência de Deus.
Ateísmo pode ser descrito como uma postura negativa diante do conteúdo da proposição individuada por uma sentença como "existe pelo menos um deus" (aqui há também várias formulações: crença na inexistência, ausência de crença, ateísmo implícito, ateísmo explícito, etc).
Ou seja, o agnóstico ainda sim deverá ser um ateu ou teísta.
Meu posicionamento é que agnosticismo é uma posição incoerente, por vários motivos. Primeiro, não vejo nenhum motivo a priori pelo qual o sobrenatural e o divino em virtude de ser sobrenatural e divino não possam ser investigado utilizando as ferramentas da razão humana. Já falei sobre isso várias vezes, estamos sempre testando empiricamente alegações sobrenaturais e o Cristianismo Bíblico pode ser posto ao crivo científico por realizar uma série de alegações sobre história humana, história natural, biologia, psicologia humana, etc. Aliás, não há evidência da existência de outras ferramentas, não há evidência da existência de faculdades de intuição misteriosas.
Bolo ainda o seguinte esboço de argumento, que acabei de pensar agora: por definição, para o agnosticismo teísta funcionar, é necessário a faculdade de acesso epistêmico à Deus seja cognitivamente enclausurada do resto de nosso aparato racional. O conteúdo extraído por esta faculdade não pode estar disponível como input para o resto do sistema, caso contrário as ferramentas da razão poderiam deliberar sobre o mesmo e isso é rejeitado pela definição do agnosticismo. Entretanto, alegados agnósticos teístas - como Søren Kierkegaard - constantemente deliberam sobre como acreditam em Deus na linguagem pública e privacidade de seus pensamentos e isso não é compatível com a tese do fechamento cognitivo. Mesmo que a existência de Deus ocorresse ao mesmo como fato bruto (pela faculdade da fé?), se ele contempla isso, não há absolutamente nada impedindo ao mesmo de prosseguir destrinchando o conteúdo de suas crenças com deliberações racionais.
Ateísmo eu encaro como a posição default e sem dúvida a mais defensável racionalmente.